Bagian Bedah PTK Yogyakarta pertama kali berdiri pada tahun 1949 di Kompleks Mangkubumen. Gagasan pertama mendirikan Bagian Bedah ini berasal dari Prof. dr. Moch Salim dan Prof. Dr. M. Sardjito dengan kegiatan poliklinik, namun pelayanan Bedah bidang Orthopedi tetap di Surakarta dipimpin oleh dr. Soeharso SpB. Pada tahun 1950 dimulai kegiatan pendidikan bedah oleh Prof. dr. Moch. Salim dengan 2 orang peserta didik (residen) yaitu dr. RH. Sentral & dr. Soewito (yang kemudian mendapat brevet pada tahun 1957).

Saat ini Departemen ilmu bedah memiliki 8 subdivisi yaitu divisi bedah onkologi, divisi bedah digestif, divisi bedah plastik, divisi urologi, divisi ortopedi, divisi bedah anak, divisi bedah thoraks kardiovaskuler dan divisi bedah syaraf. Dalam penegembangan pendidikan, departemen ilmu bedah memiliki program studi baik Sp1 dan Sp2. Untuk Program studi Sp1 terdiri dari Prodi Bedah Umum, Prodi urologi, Prodi Orthopedi, Prodi Bedah Syaraf dan Prodi Bedah Anak, sedangkan program studi Sp2 terdiri dari Prodi bedah digestif dan prodi bedah onkologi.